ناتوانی جسمانی در هر کودک، حتی در انواع مشابهی از فلج مغزی، می‌تواند بسیار خاص باشد، از این رو، برنامه‌های فیزیوتراپی برای هر شخص طراحی می‌شود. فیزیوتراپ، کودک را معاینه کرده و الگوی خاصی از ناتوانی جسمانی را ارزیابی می‌کند. براساس این ارزیابی، برنامه فیزیوتراپی خاصی طراحی می‌شود، که نیازهای ویژه‌ای از کودک را برآورده کند. برنامه‌های فیزیوتراپی شامل تعدادی تکنیک‌های معمول است که در زیر بیان شده است:
- تمرینات قدرتی هدفمند
- تمرین استقامتی عضلانی
- تحرک و کشش مفصل
- تمرینات تعادل و هماهنگی
- آموزش راه رفتن
برخی از برنامه‌های فیزیوتراپی نیز از روش‌های آب درمانی در استخر استفاده می‌کند. اخیراً ثابت شده است که فیزیوتراپی در آب، تاثیر بسیار زیادی برای کودکانی که دچار انواع خاصی از فلج مغزی هستند، دارد.
درمان فیزیوتراپی، فقط برای کودکان بزرگتری که دچار فلج مغزی هستند، به کار نمی‌رود. برنامه فیزیوتراپی باید تا حد امکان سریع‌تر شروع شود، که شامل اوایل دوران نوزادی است. تحقیقات نشان می‌دهد که شروع فیزیوتراپی در اوایل زندگی (قبل از 12 ماه)، نتایج طولانی مدت درمان را کاملاً افزایش می‌دهد. البته، همچنان که کودک رشد می‌کند، برنامه‌ها و درمان‌های خاص با گذشت زمان تغییر خواهد کرد. مراقبت‌های فیزیوتراپی در نوزادان و کودکان، معمولاً در خانه انجام می‌شود. کودکان بزرگتر به مراکز درمانی کودکان مراجعه می‌کنند، که به طور خاصی برای انجام فیزیوتراپی کودکان طراحی شده است.